In vielen seiner Werke widmete sich Lessing der Kirchenkritik. Insbesondere sein Drama "Nathan der Weise", das erstmals 1779 veröffentlicht wurde, wurde von der katholischen Kirche wegen seiner Religionskritik und der Forderung nach religiöser Toleranz kritisiert. Insbesondere die Aussage "Die Wahrheit, die im Herzen liegt, kann niemandem schaden" wurde von der Kirche als eine Bedrohung für ihre Autorität und Lehre angesehen.
Ein weiteres Werk von Lessing, das sich mit der Kirchenkritik beschäftigt, ist "Die Erziehung des Menschengeschlechts". In diesem Werk vertritt Lessing die Ansicht, dass Religion nicht durch göttliche Offenbarung, sondern durch Vernunft und Erfahrung entstehe. Diese Ansicht wurde ebenfalls von der katholischen Kirche kritisiert.
In "Der Freigeist" setzt sich Lessing dafür ein, dass der Glaube nicht durch Autorität oder Dogma, sondern durch die Vernunft und das persönliche Urteil des Einzelnen bestimmt werden sollte. Er argumentiert, dass das Individuum in der Lage sein sollte, seine eigene spirituelle und religiöse Wahrheit zu finden, ohne von der Autorität der Kirche oder des Staates eingeschränkt zu werden.
Lessing geht auch auf die Frage der Toleranz ein und fordert, dass die Kirche und der Staat die Freiheit des Individuums respektieren sollten, seine eigene spirituelle Wahrheit zu finden und zu leben. Er betont die Wichtigkeit von Offenheit und Dialog und fordert eine Veränderung der traditionellen dogmatischen Haltung der Kirche gegenüber anderen Glaubensrichtungen und Weltanschauungen.
Lessings Ideen in "Der Freigeist" haben auch heute noch Relevanz. Sie betonen die Wichtigkeit der individuellen Freiheit und des freien Denkens, und fordern die Anerkennung von Vielfalt und Toleranz. Sie sind ein Aufruf zur Offenheit und Dialog in einer Zeit, in der wir uns mit den Herausforderungen einer zunehmend polarisierten und fragmentierten Welt konfrontiert sehen.
Allerdings brachte seine Kirchenkritik auch Kritik und Zensur mit sich. Sein Werk "Nathan der Weise" wurde von der katholischen Kirche verboten und verurteilt, und einige seiner anderen Werke wurden zensiert oder verboten. Dennoch setzte sich Lessing weiterhin für seine Überzeugungen ein und blieb ein wichtiger Vertreter der Aufklärung und der kirchenkritischen Bewegung.